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代谢组学主要研究的是作为各种代谢路径的底物和产物的小分子代谢物（MW〈1000），主要是尿液、血浆或血清、唾液以及细胞和组织的提取液。

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目前已有对牛、羊、鸭、马、驴、狐狸等成分检测的商品化试剂盒，常用 Taqman 探针法和 SYBRG reen 荧光染料法。检测流程一般首先提取动物组织中的核酸，再根据物种特异基因设计引物和荧光探针

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